Os cursos de Especialização que nasceram da parceria da Fundação CECIERJ com a SEEDUC são um prosseguimento dos cursos de Aperfeiçoamento concluídos dentro do Programa de Formação Continuada. São oferecidas disciplinas, em uma universidade pública do Consórcio CEDERJ.
Os cursos de Especialização são oferecidos em parceria com as universidades públicas participantes do Consórcio CEDERJ nas várias áreas do conhecimento, conforme disponibilidade dessas instituições. Cabe a elas toda a elaboração do curso, a definição da ementa das disciplinas, a escolha dos docentes e tutores participantes e a determinação da carga horária necessária, incluindo infraestrutura física e de informática para a realização dos trabalhos no período previsto para sua realização, que deve durar cerca de 11 meses, de modo a complementar 200 horas aula.